玉浦海戰的勝利，粉碎了豐臣秀吉從海路侵略朝鮮沿海地區的計劃，侵略軍、后勤物資的運送也處于癱瘓狀態，陸軍的進攻也因此受到阻滯。２０多天后（５月２９日），李舜臣又打響了第二次大海戰。當時，１０多艘日船停泊在泗川岸邊，日軍自以為有險可據，想等朝鮮船只靠近了再打。李舜臣看穿了敵人詭計，故意引船后退。日軍以為他懼陣脫逃，就駕船追擊，不料，剛離岸不久，李舜臣就讓龜船掉頭向日軍猛攻。霎時，槍炮齊鳴，火焰紛飛，日船又被大烏龜吞沒了。接著，在唐浦，李舜臣又率領龜船攻擊日軍陣地。他先用“擒賊先擒王”的戰術，俘獲日船２１艘，后又巧妙地運用引蛇出洞的策略，用３艘龜船偽裝偵察地形，引誘敵人，主力船只則預先埋伏在山腳下。日船果然傾巢出擊。進入伏擊圈，結果遭到前后夾攻，２６艘日船全被焚毀。戰斗中，李舜臣左臂受傷，血流不止，但他屹立船頭，指揮若定。７月的一天，在閑山島地區，李舜臣又同日軍展開大戰，最后一舉殲滅日軍水師主力，控制了海域，李舜臣也因屢戰告捷，功勛卓著，被晉升為三道水軍統制使。

　　就在這時，中國明朝政府應朝鮮政府要求，派出援軍與朝鮮軍隊并肩作戰，兩軍很快收復平壤、開城，把日軍趕出朝鮮北部。豐臣秀吉被迫與朝鮮進行和平談判，可惜在日本間諜的破壞和奸臣的誣陷下，李舜臣竟在１５９７年２月被免職治罪。豐臣秀吉見自己的眼中釘被拔去，立即中止談判，派出１５萬大軍再犯朝鮮。當時，指揮朝鮮海軍的是一個昏庸無能的軍官，他根本不是日軍的對手，交戰不久，朝鮮軍節節敗退，海軍幾乎全被擊潰，大片國土又重新淪入敵手，朝鮮政府見情勢萬分危急，只得重新啟用李舜臣，并請求中國再次出兵援助。

　　李舜臣臨危受命，重整水師。他團結抗日將士，懲辦怕死官員，又吸收忠勇的農民參加水師，在不到一個月的時間內，在殘余的１２只戰船和一百多名水兵的基礎上，又重新組建了一支驍勇善戰的強大水師。他率領這支水師利用天時地利，巧布鐵索陣，在鳴梁海峽誘敵深入，以１２艘龜船擊沉３０多艘日船，擊斃擊傷日軍４千多人，致使豐臣秀吉的如意算盤又落空了。

　　１５９７年冬，朝中聯軍在李舜臣和中國老將鄧子龍的率領下同日軍主力在露梁海打了一場空前激烈的海戰。交鋒開始在深夜，當５００余艘日船抵達露梁海時，朝中戰船同時發出猛烈的炮火，海面上烈火沖天，亮如白晝，戰士們勇敢地跳上敵船，殺得敵人橫尸滿艙。敵軍惶如甕中之鱉，急欲奪路逃跑，但被切斷退路，于是集中火力負隅頑抗。在激烈的交戰中，李舜臣發現鄧子龍身陷重圍，就立即駛船去援救，不幸左胸中彈，他忍著劇痛，囑咐部下不要聲張，并將軍旗交給副手，要他代施號令，戰斗一直由夜晚打到白天。

　　第二天中午時，朝中水師共擊沉、擊毀敵船４５０艘，殲滅日軍一萬多人。至此，持續了６年之久的朝鮮衛國戰爭終以輝煌的勝利結束了。這場戰爭開始于１５９２年，按農歷屬壬辰年，所以朝鮮歷史上把它稱作“壬辰衛國戰爭”。在這場戰爭中，李舜臣和鄧子龍雖然壯烈犧牲了，但他們的精神光輝卻映照千秋萬代，而李舜臣的作戰實踐，也為在海上進行反侵略戰爭提供了寶貴的經驗。