1990年，原南聯邦六個共和國舉行大選。除塞爾維亞、黑山共和國仍由原執政黨（由原共盟改稱的社會黨）執政外，斯洛文尼亞和克羅地亞等四國共盟均喪失政權，政局動蕩導致民族主義勢力抬頭，使原來就存在的民族矛盾空前尖銳，內戰危機日益加深。

　　大選結束后，斯洛文尼亞新政權即宣布：駐扎斯境的原南聯邦防御部隊不再服從聯邦軍統一指揮，并加緊從外國運進武器，武裝本地民防和警察部隊�？肆_地亞也隨后宣布：將在南聯邦駐克地方部隊基礎上組建克“獨立的武裝力量”。接著，塞爾維亞科索沃自治省阿爾巴尼亞族也按“一戶一槍”原則，用走私武器組織民間武裝10萬人。與此同時，居住在克境內的塞族人也武裝起來。

　　鑒于局勢危急，南聯邦主席團于1991年1月發布命令，要求各地“非法準軍事武裝部隊”立即解散并交出武器。但該命令被斯、克兩族武裝拒絕。南聯邦軍隨即進入戒備狀態，準備以武力執行聯邦決定。斯、克兩族則外鋒相對，積極備戰，全國局勢驟然緊張。在內戰一觸即發的危急時刻，經聯邦總理馬爾科維奇（克族）多方斡旋，迫在眉睫的大規模流血沖突得以暫時避免，但“非法武裝”問題仍未解決。

　　1991年1月，克當局突然收繳克境內塞族警察武器，遭塞族人拒絕，雙方發生流血沖突�？司硟染幼〖s60萬塞族居民，占克全部人口12％，聚居地約占克全境1／4。在克新政權一再聲稱要退出南聯邦“獨立”的背景下，克境塞族擔心二戰時期克族極端組織殘殺塞族人的暴行重演，遂宣布成立“克拉伊納塞爾維亞自治區”，脫離克羅地亞，成為塞爾維亞和南聯邦的組成部分。此舉得到塞爾維亞支持，但克羅地亞堅決反對。隨后，雙方武裝為爭奪對兩族混居區的控制權爆發大規模武裝沖突，沖突逐步升級。為制止沖突，南聯邦軍（主要將領及大部分士兵為塞族）奉命進行干預。

　　6月25日，克羅地亞和斯洛文尼亞宣布獨立。南聯邦主席團立即做出反應，宣布斯、克兩國“獨立”為非法和無效。同時命令駐扎在斯、克兩國境內軍營中的聯邦軍，執行保衛邊界過境通道和居民點安全的軍事行動。斯、克兩國武裝對聯邦軍兵營實行封鎖、阻礙，襲擊執行任務的聯邦軍。6月27日，南聯邦軍出動2000名士兵，110輛坦克執行聯邦政府命令，遭到斯警察部隊和武裝人員強烈抵抗，斯方武裝用導彈擊落南聯邦軍直升飛機和15輛坦克，造成100多人傷亡。7月2日，當聯邦軍根據雙方達成的協議，將部隊撤回營區時，斯方武裝又企圖扣押聯邦軍坦克、裝甲車等重裝備，雙方再次發生武裝沖突，聯邦軍動用空軍轟炸機為部隊解圍。后來，在聯邦主席團和國際有關各方調解下，斯同意解除對聯邦軍營封鎖，聯邦軍全部撤出斯境。

　　由于以塞族人為主的聯邦軍逐步卷入克、塞兩族武裝沖突，克指責聯邦軍偏袒塞族武裝。在克族武裝多次襲擊聯邦軍后，聯邦軍開始直接與克族武裝交火。聯邦軍介入南內戰，使原在聯邦軍中服役的一萬多名克族士兵和軍官“投誠”，轉入克武裝。為與聯邦軍和塞族武裝抗衡，克當局從西方國家大量進口武器和招募雇傭軍，在原來不足5萬人的警察和民防部隊基礎上，建成了一支擁有20萬人，配有坦克、裝甲車、多管火箭炮、導彈和飛機的正規軍隊。

　　以塞爾維亞族為主的南聯邦最初堅決反對改變現行的聯邦制，但隨著克、斯兩國“獨立”的既成事實，以及周邊國家和國際組織態度的改變，南聯邦中塞族領導的立場已有所變化，但仍堅持“所有塞爾維亞人有權生活在一個塞爾維亞國度里”的大塞爾維亞主義。強調克雖可獨立，但不得把克境內60萬塞族人和他們的聚居地帶走。為支援塞族武裝保衛克境內塞族居住區，聯邦軍漸由過去提供武器、人員支持發展為介入交戰。從7月份開始，由于聯邦軍公開參戰，克、塞兩國接壤全線和部分兩族混居區爆發激烈戰斗。為封鎖克海上交通，切斷其武器進口，聯邦海軍出動軍艦封鎖克海岸，炮轟克港口城市杜布羅夫尼克。在克、塞中部接壤的奧庫查尼和帕克拉茨及亞得里亞海沿岸地區雙雙均發生大規模武裝沖突。9與10兩月，為爭奪武科瓦爾，聯邦軍和塞族武裝投入大量兵力，對固守該地的克族武裝實施圍攻，經聯合國和有關各方調解達成的多次�；饏f議均遭破壞。

　　11月7日，在近三個月圍攻后，聯邦軍攻占戰略重鎮武科瓦爾，使克、塞東部邊界的數個塞族聚居點連成一片。11月22日，聯邦軍開始圍攻克東部克塞兩族共居的奧西耶克鎮。在克沿海地區，雙方武裝沖突規模也在升級，塞族武裝如果控制了該地區，就可截斷橫貫克境主要公路，腰斬克瀕海地區，為塞爭得一個重要出海口。

　　經過近一年軍事較量，戰場總的局勢對克不利。塞族武裝在聯邦軍支持下，已經控制克境1／3的國土面積。由于戰爭主要在克境進行，克族生命財產損失慘重，被迫在國際調停下停火。

　　就基本軍事力量對比看，盡管克接受大量西方軍援，塞族武裝和南聯邦軍在兵員數量、裝備、訓練和作戰能力方面仍優于克方。但由于受一些共和國抵制，聯邦軍在兵員、油料和武器供應方面亦存在許多困難，加上國內外各種政治勢力的壓力，聯邦軍行動受到很大牽制。1991年底，南聯邦軍一改以往堅決拒絕國際武裝介入的立場，主動要求聯合國派遣“維持和平部隊”進駐雙方實際控制線之間監督停火。

　　進入1992年以來，塞族武裝在基本達到作戰目的（不但保住了克境內塞族聚居地區，面積還有所擴大）后，呈守勢鞏固既得陣地。克族在損兵失地之后，短時間內無力發動大規模反攻。三月份以來，波黑局勢進一步惡化。南聯邦軍與得到克羅地亞支持的波黑穆斯林武裝為爭奪對首府薩拉熱窩的控制權展開激戰。英美宣布對南實行“制裁”并投入空中力量向薩市運送人道主義援助�？梢灶A料，由于南各族在歷史、現實政治和意識形態等方面的差異，南內戰在短時期內不會徹底解決。目前，各派時打時停，加緊增兵備戰，以便在有利時機打擊對方，或在未來的政治談判中居于主動地位。

　　南內戰沖突至1993年，已造成3.5萬人死亡，直接經濟損失200億美元，形成300萬難民，引起了世界輿論的廣泛關注。