清順治二年(1645年)六月，清軍再下剃發令，命令十天之內，江南人民一律剃頭，“留頭不留發，留發不留頭”。這嚴重傷害江南百姓的民族感情，于是紛紛起而抗清。其中嘉定人民的抗清尤為頑強激烈。閏六月十三日，剃發令下，群眾開始醞釀反抗。清嘉定知縣強制剃發，起義頓時爆發。城郊居民一呼而起，打敗來剿清軍。人民公推黃淳耀、侯峒曾出面領導抗清。降將李成棟率清兵猛攻，城中居民冒雨奮戰，堅守不屈。清軍用大炮轟城，始得攻入。侯峒曾投河死，黃淳耀自縊，城中無一人投降。清軍忿而屠城，殺兩萬余人后棄城而去。次日朱瑛又率眾入城，組織抗清，旋敗，再遭清兵屠殺。八月十六日明將吳之藩起兵，反攻嘉定，亦敗，嘉定第三次遭屠城。史稱“嘉定三屠”。多鐸統軍占領南京，南明弘光朝廷覆亡。同年六月，南明降臣錢謙益，趙之龍等向多鐸獻策曰：“吳下民風柔弱，飛檄可定，無須用兵。”清廷乃于六月十五日頒詔書往江南曰：“……削發一事，本朝已相沿成俗，爾等毋得不遵法度。……凡不隨本朝制度者，殺無赦。”然而“削發令”一下，所謂“民風柔弱”的江南民眾的反抗怒火，卻在松山，昆山，蘇州，嘉興，紹興，江陰等地熊熊燃燒。反抗滿清暴行最為慘烈的嘉定，史稱“嘉定三屠”。