新中國的成立，像個巨大的磁場吸引著海外游子之心。旅居海外的炎黃子孫，思念故鄉，渴望回到祖國——母親的懷抱里。李文清就是眾多愛國華僑的一員。經友人介紹，他到東京華僑會工作了一段時間，并與純樸、善良、賢淑的臺籍女子游玉貞結為伉儷。1950年5月29日，他應政務院之邀回國，被分配到廈門大學工作，擔任數學系副教授。

　　李文清的學識淵博，基礎雄厚，新中國為他提供了施展才能、報效國家的良好環境。“文革”前，廈門大學數學系三分之二的課程他講授過，其中有實函數、復函數、代數、數論、微分方程、泛函分析、逼近論、微分算子、福里哀分析等等。“文革”后，他又開出濾波理論、線性系統、應用泛函分析、隨機控制以及研究生的專題報告；還為兄弟系開數學課。為了提高數學系教師的外語水平，他還自告奮勇開設專業日語與英語課。他的主要著作《泛函分析》，被當時許多高校作為教材采用。

　　第二次世界大戰后誕生的控制理論與計算機科學，使現代科學技術大大地向前推進．李文清和關肇直(已故)、張學銘等專家積極倡導在國內開展控制論研究和人才培養。在李的直接推動下，廈門大學于1972年創辦了控制論專業(先附設在數學系)，使它成為計算機系的先聲。他自編講義，親自授課和下廠實踐。1977年他參加在上海召開的四校控制理論研討會。1979年在廈門召開全國首屆控制論及其應用學術交流會。1983年教育部科技司轉發了李文清關于“加強控制理論的系統性能分析的研究”的建議。1978年，廈門大學數學系獲得了運籌學與控制論碩士學位授予權，李文清親自招收研究生。1982年，廈門大學計算機科學系誕生，下設控制論、軟件、系統工程三個專業，李形象地比喻它是“信息傳遞、信息處理、信息管理”，這恰恰與通常說的“三論”(控制論、信息論、系統論)對應起來。李文清是辦系的籌劃者與主要決策人，并擔任了首屆系主任。

　　為了解決辦系師資緊缺的困難，李一方面對原有教師進行知識更新，促使他們加緊學習計算機知識，以迅速提高業務水平與操作技能；另一方面運用他的影響，從國內有關大學引進高材生，作為新生的骨干力量。同時，采用請進來、派出去的辦法，多方為辦好系服務。系聘請計算機和控制論專家高慶獅、陳火旺、陳翰馥、鄭維敏、于景之等為兼職教授，并與國防科技大學計算機系建立姐妹系的友好關系，還邀請國外著名學者不定期來校進行學術交流。此外，系里又派十幾名教師到美國、加拿大、法國、德國、英國留學進修。這樣使計算機與系統科學系成為初具規模的中等系，師資隊伍不僅能適應本系與外系的教學任務的需要，而且還承擔著國家、有關部委以及省、市和學校的科研任務。幾年來，系已承擔7項國家自然科學基金課題(李占了3項)，50多項實用開發課題。控制論教研室已形成一支強有力的學術梯隊，自1985年始，在國內外學術刊物上發表幾十篇較有份量的論文，其中在分布參數系統的辨識與控制、鼓勵性對策、泛函分析應用、隨機系統等方面成績顯著，影響良好。

　　在長期的教學工作中，李文清教授總是注意抓住以下四個基本點：

　　一是強調扎實打好基礎，培養創新精神。他本身就是這樣走過來的，比如他親自制訂的運籌學與控制理論專業的碩士研究生培養方案，就是圍繞“控制系統”進行安排與訓練的：一年級主要學習有限維系統，使學生對學科方向有個總的了解；二年級學習分布參數系統和隨機系統，并進行計算機仿真訓練，以鞏固基礎課知識和加強基本功訓練；三年級開設專題講座，從近現代期刊中遴選新材料，讓研究生消化，然后自己上講臺，教師質疑，并解答問題。同時，還請校外或國外來華講學的專家來校上課，并派學生參加全國性的學術會議，多見世面，增長才干，多方培養學生的創新精神。

　　二是注意處理好古典數學與近代科學、教與學的辯證關系．李文清認為，古典數學為近代科學的發展提供了有力的工具，而近代科學又給古典數學帶來新生命。他不斷更新教材，總是用最新最好的資料來引導學生。在傳統學科中去尋找新學科的生長點。他把數論研究引用到控制論中，同時在他的支持和鼓勵下，所在教研室的一些中青年教師也由古典變量的研究，派生出隨機變量、非標準分析、模糊數學等新學科方向的研究工作。他還說，教與學是相輔相成的，教師應該向學生講新概念、新方法、新結果，這樣才能使學生學得主動靈活，觸類旁通，活躍學生的學術思想，促進教學相長。

　　三是重視因勢利導，務使人盡其才。李文清在教學中注意啟發學生思維，循循善誘，并且給予具體指導。數學家陳景潤，早年曾得益于李的教導。陳的大學時期，李在講數論發展史時，介紹了“哥德巴赫猜想”等三個尚未解決的難題，鼓勵在座的有志者將來哪怕解決其中一個，也是對數學研究作出了不起的貢獻。陳景潤聽后，立志要擦掉數論中的一個大問號。經年累月的苦苦鉆研，陳終于把華羅庚的名著《堆壘素數論》讀透了，寫出了“他利問題”的論文，對該書中的五個定理作了改進。李看后大為贊賞，高興地對他說：“你的改進使這本書更完美了！《堆壘素數論》好比一顆稀世明珠，你的改進好比拭掉明珠上的灰塵。”李還解除陳景潤的疑慮，把論文推薦給華羅庚教授，使陳得以參加1956年全國數學年會，后又能調到中國科學院數學所工作．這為他日后摘取“數學皇冠上的明珠”準備了更好的機遇。

　　數學系有個研究生是工作幾年后才考來的，學習上不連續，困難較大。李文清就經常給予熱忱指導，對他的畢業論文反復協助修改了十幾次。結果這篇論文得到南開大學盧桂章教授的好評，認為是一篇具有創造性的優秀論文。計算機系有一位中年教師，70年代末研究實數擴充理論，有人認為沒啥搞頭，而李文清卻堅定地支持他去發掘新東西，讓“舊瓶裝新酒”。結果，這位教師的工作后來受到王梓坤和李國平等著名學者的贊賞，認為是對古典分析的很好總結與推廣．

　四是做到身體力行，甘當人梯。李文清從教40載，桃李滿天下。他培養了30名碩士生，在他培養與指導下的門生許多是出類拔萃的。除陳景潤外，還有兩位已是博士導師、4位大專院校數學系主任。他的第一批研究生3人(1981年畢業)，已有2人晉升副教授，1人升教授，還有的著書立說。華南工學院副教授洪毅，1978年參加科學院數學所與計算所研究生考試，在1060名考生中，他名列榜首。留學德國的研究生黃輝，把導師關于離散時間馬氏決策過程推廣到連續時間的情況，導師贊賞說：“從黃輝那里學到很多東西，他是一位很有希望的人才。”廈門大學控制論教研室主任陳亞陵教授，學術造詣較深，論文多次被國際學術會議所采用。1988年在北京召開國際辨識會議，陳亞陵是大會的組委之一。難怪系里的許多中青年副教授、教授感慨地說：“我們是李先生手把手培養起來的啊！”