燕王早就暗中練兵，準備謀反。為了麻痹建文帝，他假裝發了精神病，成天胡言亂語，有時候還躺在地上，幾天不起來。建文帝派使臣去探病，那時候正是大熱天，燕王卻坐在火爐邊烤火，嘴里還不停地叫冷。使臣一回報，建文帝也相信燕王真的病了。

　　但是齊泰、黃子澄卻懷疑燕王裝病，他們一面派人到北平把燕王的家屬抓起來，一面又秘密命令北平都指揮使張信帶兵逮捕燕王，還約定燕王府的一些官員當內應。不料張信是站在燕王一邊的，反向燕王告密。

　　燕王得到消息，就把王府里充當建文帝內應的官員全抓起來，宣布起兵。燕王是個精明人，知道建文帝畢竟是法定的皇帝，公開反叛，對自己不利，就找個起兵的理由，說要幫助建文帝除掉奸臣黃子澄、齊泰。歷史上把這場內戰叫做“靖難之變”（靖難是平定內亂的意思）。

　　燕王本來有帶兵打仗的經驗，手下有一支經過訓練的精兵。他起兵南下，很快攻下了一些據點，許多州縣的官員紛紛投降。建文帝害怕起來，撤了齊泰、黃子澄的職，想要燕王退兵。燕王哪肯罷休。

　　這場內戰，差不多打了三年，到了公元１４０２年，燕軍在淮北遇到朝廷派出的南軍的抵抗，打得十分激烈。有些燕軍將領主張暫時撤兵，燕王說：“這次進軍，只能進，不能退！”

　　沒多久，燕軍截斷南軍運糧的通道，發起突然襲擊。南軍就一敗涂地了。

　　燕軍勢如破竹，進兵到應天城下。建文帝見形勢緊急，一面要將士拼死守城，一面派人向燕王求和，愿意割讓土地，請求燕王退兵，又遭到燕王的拒絕。

　　過了幾天，守衛京城的大將李景隆打開城門投降，京城終于被燕軍攻破。

　　燕王帶兵進城，只見皇宮大火熊熊，正在燃燒。燕王趕快派兵把大火撲滅，已經燒死了不少人。他查問建文帝的下落，有人報告說，燕兵進城之前，建文帝下命令放火燒宮，建文帝和皇后都跳到大火里自殺了。

　　燕王朱棣即位，這就是明成祖。到了公元１４２１年，明成祖遷都北京。打那時候起，北京一直成為明朝的京城。